毎日地上から人間がやってくるため、竜宮城は今日も大忙しです。 そんな中、乙姫様は倒れているし、玉手箱は見つからないし、お客様も行方不明に！ こうなったら竜宮城に務めている生き物になって犯人を見つけるしかありません。

目安箱に「学校の七不思議の謎を暴いて欲しい」という、宛先不明の意見書が届いていた。 生徒の悩みは、生徒会男子メンバー３人で解決するしかない！ こうして、「ドキドキ！？七不思議を全部暴いちゃおうツアー！」が深夜１０時から行われたのであった。

ある忍者の一族では、数十年に一度「選別」が行われていた。 犠牲者も数多く出る「選別」を最後まで生き残ると、「巨万の富を得る」だとか、「最強の忍術が使える」だとか、様々な噂が流れている。 しかし、「選別」が行われたその日、一族の長である師匠が死に、屋敷内の宝箱も開けられているではないか。 多くの謎が残る事件だが、君たち３人の忍者には是非ともこの事件を解明してもらいたい。